Für mich klingt es danach als wenn die Kupplungsbeläge extrem verklebt waren. Allerdings schreibst du dass du die Kupplung vor dem Einbau auseinandergenommen hattest deshalb kann es das eigentlich nicht sein. Waren denn 3 Scheiben verbaut? Lief die alte Kupplung vorher? Ist eine verstärkte Feder verbaut?
Manchmal braucht es auch einfach ein paar Anläufe bis man die Kupplung richtig eingestellt hat
An dem Keil kann es nicht gelegen haben. Ein Symptom bei fehlendem Keil wäre eher das die Kiste trotz eingelegtem Gang und gelöster Kupplung nicht anfährt.s sollte aber bei richtig angezogenen Kupplung nicht passieren.
Ein heulen beim fahren ist bei der gerade verzahnten 3.0 primär tatsächlich normal.
Das poltern gehört da natürlich nicht rein aber im Nachhinein ist es schwer zu sagen woher das kam. Ich würde damit erstmal so fahren oder um das Gewissen zu beruhigen das Getriebeöl wechseln bzw vllt mit nem Stabmagneten Mal über den Kupplungsdeckel in den Ölsumpf Tasten ob das ein loses Teil liegt.
Gruß