Das das Ganze fröhlich vor sich hin zündet ist klar!
Der Zündkreis ist ein separater und unabhängig von den Stromspulen für die restliche Versorgung.
Scheint sich bei Dir um die ganz normale PK Zündung mit 6 Kabeln zu handeln.
3 gehen an die CDI (rot,weiß, grün) und drei (normalerweise blau (+),schwarz (-) und grün- Killfunktion)
über das Kabelkästchen dann zu den Verbrauchern unter Einbeziehung des Reglers.
In deinem Fall scheint blau und schwarz beides in gelb ausgeführt zu sein und wie du schon festgestellt hast, liegt dort Spannung an und fließt Strom. Das grüne führt normalerweise zum Zündschloß. In deinem Fall wechselt es auf das rote Kabel des
Kabelbaumes der zum Killschalter am Lenker führt.
Wie allerdings danach der Rest ausschaut kann Dir momentan keiner sagen, da wir weder dein genaues Modell kennen, noch den Regler den du verbaut hast.
Es gibt gerade bei der Spezial zig Ausführungen (mit/ohne Bremslicht, mit Schnarre oder Klingel, Mit Fernlicht und Stadtlicht, mit Zündschloss oder ohne, mit Blinker etc. etc.)
Auch darfst du nicht vergessen, dass die Schaltkreise der elektronischen Zündung ausschließlich über Schaltern mit Schließerfunktion angesteuert werden, während bei den alten Kontaktzündungen Öffner im Einsatz sind. Die müssten sowieso ersetzt werden oder umgebaut werden.
Als kleine Hilfe (von Bobcat aus dem GSF)

Nach diesen Schema solltest du in etwa vorgehen.
Ich würde aber auch wie Volker zu einen Conversion Kabelbaum raten!
Wenn der Spannungsregler im Vorfeld schon mal öfters kurzgeschlossen wurde, dann darfst dich ggf. auch nicht wundern, wenn es nichts mehr zum Messen gibt!