Das beim Ausstellen einer Einzelgenehmigung als zulassungsfreies Fahrzeug die bisherige ABE ungültig gestempelt wird halte ich für normal. Sonst gäbe es ja zwei BE für dasselbe Fahrzeug. Versichern kannst du einen Roller sogar ohne BE. Ist zwar illegal aber möglich.
Du hast m.E.n. mehrere Möglichkeiten
1. Du behälst das große Schild und versicherst den Roller als Leichtkraftrad bei einer Versicherung. Das kann günstiger sein als ein Versicherungskennzeichen. HU-Pflicht hast du ja nicht.
2. Du gehst zur Zulassungsstelle und machst das ganze rückgängig. Dann wird normalerweise das Gutachten ungültig, aber du solltest eine BE bekommen die den Roller wieder zu einem versicherungspflichtigen Fahrzeug macht.